Il giorno 26 marzo 1998, durante una liturgia eucaristica presieduta da personalita' dell'Ordine e della Custodia di Terra Santa, e' stato letto il decreto del Ministro Generale dei Frati Minori che dichiara qui ufficialmente eretto il 12° Commissariato italiano di Terra Santa per Puglia e Molise. La presenza dei Francescani in Terra Santa risale agli albori dello stesso Ordine dei Frati Minori. Fondato da San Francesco nel 1209. subito si dedico' alla evangelizzazione missionaria. Col Capitolo generale del 1217, che divise l'Ordine in Province, nacque anche la Provincia di Terra Santa, la quale si estendeva a tutte le regioni che gravitavano attorno al bacino sudorientale del Mediterraneo.
Nel 1333 i Frati Minori riscattarono il Santo Cenacolo e presso di esso fondarono un Convento per la munificenza dei reali di Napoli Roberto d'Angio' e Sancia di Maiorca. Nello stesso tempo i musulmani riconoscevano i Frati Minori come officianti abituali della basilica del Santo Sepolcro.
Papa Clemente VI, con le Bolle "Gratias agimus" e "Nuper carissimae" del 1342 approvo' l'operato dei Reali di Napoli e diede disposizioni per il nuovo organismo ecclesiastico-religioso.
La costante presenza dei Francescani in Terra Santa e il loro impegno per l'evangelizzazione e per la promozione dei valori cristiani nella stessa e' stato determinante nella formazione e sviluppo di quella Chiesa locale, fino a rendere possibile la restaurazione del Patriarcato latino nel 1847.
Attualmente la Custodia di Terra Santa e' una Provincia autonoma dell'Ordine dei Frati Minori: un'entita' internazionale, governata dal Custode o "Guardiano del Monte Sion", il quale la regge con potesta' ordinaria a norma delle Costituzioni generali delI'Ordine. Il Custode di Terra Santa e' eletto dal governo centrale dell'Ordine e la sua elezione deve essere approvata dalla Santa Sede.
A 650 anni dalle Bolle di Clemente Vl, Sua Santita' Giovanni Paolo II, con Lettera autografa al Ministro generale delI`Ordine dei Frati Minori, Fr. Hermann Schalueck (30 Novembre 1992), ha ricordato l'evento dell'affidamento dei Luoghi Santi all'Ordine e ha esortato i Frati Minori a proseguire e perseverare nell'ottemperare al mandato a suo tempo ad essi conferito dalla Sede Apostolica. I Frati Minori sono, pertanto, custodi dei Luoghi Santi per volontàa'e mandato della Sede Apostolica.
La Custodia di Terra Santa opera nei seguenti Paesi: Israele, Giordania, Egitto, Siria, Libano, Cipro e Grecia (Rodi). In essa vi lavorano oltre 300 religiosi provenienti da trentadue nazioni, che si avvalgono della collaborazione di 130 religiose di varie Congregazioni femminili. l santuari affidati alla loro custodia sono, col Santo Sepolcro, Betlemme e Nazareth, 74 tra principali e secondari.
Gli impegni più importanti sono: l' opzione per i poveri, la formazione dei giovani, il servisio liturgico nei Santuari con l'accoglienza ai pellegrini, l'attivita' scientifica (curata dallo Studium Biblicum Fraciscanum di Gerusalemme) e quella ecumenica, e la diffusione del messaggio dei Luoghi Santi. Un efficace strumento di diffusione del messaggio dei Luoghi Santi è dato inoltre dalla organizzazione dei Commissariati di Terra Santa. Sono 82 Commissariati di Terra Santa, sparsi in 44 nazioni, collaborano attivamente a far conoscere gli ideali e i problemi del la Custodia, "predicano" il verbo della Terra Santa e creano in tutto il mondo quel movimento di interesse ai Luoghi sorgivi della fede cristiana che è rappresentato dai Pellegrinaggi, sempre più numerosi da tutti i continenti.
La Custodia, infine, organizza in proprio pellegrinaggi da tutto il mondo, assicurando, accanto alla migliore organizzazione curata dai Commissariati, una adeguata e qualificata assistenza spirituale.